Khi Mạc Mậu Hợp lên ngôi, nhà Mạc đã suy yếu, thường thất thế trước quân Nam triều nhà Lê. Nhà Mạc dùng chính sách tăng cường ngoại giao, cống nạp cho nhà Minh để tranh thủ sự ủng hộ khi bị thất thế[8]. Năm 1592, quân Nam triều do Trịnh Tùng chỉ huy chiếm được Thăng Long, bắt giết Mạc Mậu Hợp. Họ Mạc rút chạy lên Cao Bằng.

Sau khi chiếm được Thăng Long, nhà Hậu Lê xin cầu phong của nhà Minh. Sau lần hội khám năm 1597, nhà Minh vẫn chỉ phong cho Lê Thế Tông làm An Nam đô thống sứ ty như phong cho nhà Mạc trước đây. Đồng thời, nhà Minh dùng uy thế "thiên triều" ép họ Trịnh cắt đất Cao Bằng cho họ Mạc cát cứ trong nhiều năm, tới năm 1677 mới chấm dứt.